1986-1989 yillari olib borilgan arxeologik qazish ishlari davomida Xalifa Rajab fasad devori oldida birnechta binolar majmuasi tozalandi.

Majmua shaklan Xalifa Rajab binosi kirish eshigiga tutashgan toʻrtburchak hovli (8,35x3,7 m) asosida qurilgan. Hovlining sharqiy tomonida bir nechta xona bo’lgan. 1-xonaning joylashuviga qaraganda (polning bir qismi pishgan g‘isht bilan qoplangan, suvni oqizib yuborish moslamasi, tashnov bor) bu xona tahorat uchun mo‘ljallangan bo’lgan. Ehtimol, qo'shni binolar turar-joy bo’lgan bo'lishi mumkin. Taxmin qilish mumkinki, hovlining g'arbiy tomonida (bu qismi qazilmagan) ham binolar mavjud. Davrlashtirishga oid materiallarining yetishmasligi kompleksning qurilish vaqtini aniqlashtirishni qiyinlashtiradi. Ehtimol, u XV asrning birinchi yarmida qurilgan.

Binolar majmuasining paydo bo’lishi yodgorlikning maqbara sifatida ishlashidagi yangi shart-sharoitlarni aks ettiradi va binoni saqlash va ziyoratchilarning unga tashrif buyurishini tartiblashtirish zarurati bilan bog'liq bo’lishi mumkin (Xalifa Rajab tarixining uchinchi bosqichi

Fasad devorining vayron bo'lishi, uning qulashi fasad devoriga tutash tuzilmalar majmuasini bosib qolgan va ularning faoliyat yuritilishi ham to’xtagan. Taxminan shu davrda gumbazning qulashi Xalifa Rajabning maqbara sifatida faoliyat yuritish tarixini yakunlaydi. Bu XVII-XVIII asrlarda sodir bo'lgan deb taxmin qilish mumkin. Maqbara ichkarisida va uning oldida olib borilgan qazish ishlari keyinchalik ham bino va uning atrofidagi xarobalar muqaddas qadamjo sifatidagi ahamiyatini yuqotmagan. Bu yerlar musulmon an’analariga oid dafn qilish joyi va qabr usti inshootlar (sag’ana) qurish uchun foydalanila boshlagan (Xalifa Rajab tarixining to’rtinchi bosqichi).