Во время археологических работ 1986-1989 годов перед фасадной стеной Халифа Ереджеп был раскопан комплекс помещений.

В основе планировки комплекса - прямоугольный двор, примыкающий ко входу в здание (8,35 х 3,7 м). С восточной стороны двора располагалось несколько помещений, сложенных из жженого кирпича.  Судя по устройству помещения №1 (часть пола вымощена обожженным кирпичом, наличие приспособления для слива воды), это была комната, предназначенная для омовений. Вероятно, соседние помещения могли быть жилыми.  Можно предположить, что с западной стороны двора (эта часть не была раскопана) также находятся помещения. Отсутствие датирующих материалов затрудняет определение времени строительства данного комплекса. Наиболее вероятно, он был построен в первой половине XV века.

Появление комплекса помещений отражает новые условия в функционировании памятника как мавзолея, и связано, как с необходимостью содержания здания, так определенной регламентацией посещения его паломниками.

Данный комплекс помещений закончил своё существование в результате обрушения фасадной стены Халифа Ереджеп, завал которой накрыл его. Вероятно, в это же время произошло обрушение купола Халифа Ереджеп, после чего памятник завершил свое функционирование в качестве мавзолея.  Можно предположить, что это произошло в XVII - XVIII веках. Раскопки внутри разрушенного мавзолея и пространства перед ним показали, что в дальнейшем руины здания и окружающая территория сохранили своё значение святого места. Оно стало активно использоваться для захоронений по мусульманскому обряду трупоположения и строительства погребальных сооружений (сагана) (четвертый этап в истории существования Халифа Ереджеп).

Четвертый этап. На данном этапе произошло обрушение фасадной стены, завал которой накрыл комплекс сооружений, примыкающий к фасадной стене. Вслед за этим последовало обрушение купола, которое завершило историю функционирования Халифа Ереджепа в качестве мавзолея.  Можно предположить, что это произошло в XVII - XVIII веках. Раскопки внутри мавзолея и пространства перед ним показали, что в дальнейшем руины здания и окружающая территория стали использоваться как для захоронений по обряду трупоположения (мусульманский обряд).